Таможенное дело в Абхазии имеет глубокие исторические корни. Первые сведения о наличии таможни на территории исторической Абхазии относится к середине XV, периоду расцвета внешней торговли Абхазского княжества с Генуей.

 Так, в Уставе генуезских торговцев на Чёрном море, изданном в 1449 году в Генуе, подчёркивалось, что в Сухуме (Себастополе) взималась таможенная пошлина со всех экспортно-импортных операций в размере "одного процента стоимости товара за ввоз и столько же за вывоз".

 В реляциях генуезских купцов указано, что товары доставлялись, преимущественно, морем в Сухум, где их размещали на складах для дальнейшей продажи.

 Более совершенной Абхазская таможня становится, после присоединения Абхазии к России в 1810.Уже через год после этого события, Александром I был издан Указ под названием "Правила для товаров, ввозимых морем из Абхазии с полным торговым карантином и таможней".

 Позднее, в 1832 году в Сухуме образовывается таможенная застава, а в марте 1848г. таможенный департамент России принимает решение расширить таможенную инфраструктуру, в результате чего создаются таможенные посты в торговых пунктах Гудаа, Очамчира, Келасур и Гудауте. Именно с этого времени значимость дореволюционной абхазской таможни заметно возрастает. А Схумская таможня приобретает ранг "таможни первого класса".

 Таким образом, история развития Абхазской таможни насчитывает немало веков.

 27 сентября 1991 года, по инициативе Председателя Верховного Совета Абхазии В.Г. Ардзинба, Постановлением Верховного Совета Абхазии была образована Абхазская республиканская таможня (АРТ). Эта дата является точкой отсчёта "новейшей истории" абхазской таможенной службы. Позднее, в 1994 году, Президентом Республики Абхазия был подписан Указ об образовании Государственного таможенного комитета Республики Абхазия, который стал центральным органом государственного управления Республики Абхазия, осуществляющим непосредственное руководство таможенным делом в республике.

 За прошедший период в Абхазии создана правовая база для обеспечения экономической безопасности страны и развития её внешнеэкономических связей. Таможенная реформа получила закрепление в Законах: "Таможенный кодекс РА", "О таможенном тарифе РА", "О службе в таможенных органах РА", которые определили новую концепцию таможенного регулирования. Таможенная служба получила статус правоохранительного органа, стала субъектом оперативно-розыскной деятельности.

Таможенная служба не должна переходить за пределы возможностей, предоставленных Таможенным кодексом, Законом "О таможенном тарифе" и другими законами, связанными с её деятельностью. В то же время, она не должна отходить от активного участия в формировании торговой политики государства, поскольку как ни кто другой, Государственный таможенный комитет знает обстановку в этой области. Таможенная служба владеет уникальным объектом исследования - данными таможенной статистики, которые, в свою очередь, являются очень важной базой для принятия не только тактических, но и стратегических решений Президентом, Народным Собранием, Правительством и другими органами власти Абхазии.